Q&R

Comment l’installer?

  • Linux: Dans un teminal, extraire l'archive .tar.gz et exécutez Installer.sh. Attendez que l’installation soit finie et lancer MI-Brain en utilisant Mi-Brain.sh
  • Windows: Téléchargez vcredist_x64.exe (aussi disponible à partir de la section de MI-Brain téléchargeable) et MI-Brain-*.exe. Double cliquez sur vcredist_x64.exe pour installer Microsoft Visual C++2015 redistributable et double cliquez sur MI-Brain-*.exe et suivez les instructions.
  • macOS: Ouvrez le dossier .dmg et glissez l’icône de MI-Brain sur le dossier application.

J’ai téléchargé une nouvelle version, je l’ai installée, mais le logiciel ne veut pas démarer. Que puis-je faire?

  • Linux: Effacez ~/.local/share/Imeka et/ou ouvrez l’application avec --BlueBerry.clean
  • Windows: Effacez C:\Users\USER\AppData\Local\Imeka et/ou ouvrez l’application avec /BlueBerry.clean
  • macOS: Effacez ~/Library/Application Support/Imeka et/ou ouvrez l’application avec MI-Brain.app/Contents/MacOS/MI-Brain --BlueBerry.clean

Comment le désinstaller?

  • Linux: Effacer le dossier contenant l’application.
  • macOS: Glissez l’application dans la poubelle.
  • Windows: Désinstallez l’application de la même façon que toute autre application sur Windows (Démarrer - Paramètres - Applications - MI-Brain - ...)

Dois-je être branché sur Internet pour installer ou utiliser MI-Brain?

Vous avez seulement besoin d’être sur Internet durant son installation et pour obtenir des avertissements de mise à jour. Autrement, vous n’aurez pas besoin d’être sur Internet pour utiliser MI-Brain.

Mes tractogrammes/anatomies ne sont pas alignées. Pourquoi?

Le logiciel MI-Brain travaille avec LPS World coordinates, en opposition au voxel MM coordinates (TrackVis, Fibernavigator). Les données RAS seront transformées en LPS dans le logiciel. Assurez-vous que vos données soient alignées en système de coodonnées mondiales (LPS).

Quel est le format d’image de maximas nécessaire pour effectuer un RTT?

Les images de maximas sont des concepts d’images vectorisées en 3D. Par contre, en pratique, elles sont représentées en images flottantes 4D. MI-Brain les présenterait (clic-droit sur une node – détails...) comme suit:

Image

 

Dimension: 4

 

Dimensions: largeur hauteur profondeur (3 | 6 | 9 | 12 | 15)

 

Type de composante: Float (flottante)

La 4e dimension est utilisée pour emmagasiner les vecteurs. Chaque voxel contient entre 0 et 5 vecteurs 3D (d’où le multiple de 3). Les données pour un voxel sont toujours emballées dans la forme XYZXYZXYZXYZXYZ. L’absence d’information est affichée avec NANs ou un vecteur-zéro.

J’ai des données d’IRM de diffusion RAW. Puis-je les traiter avec MI-Brain?

Non. MI-Brain est seulement un logiciel de visualisation/exploration. Imeka offre un service de traitement d’IRM https://www.imeka.ca/services. Communiquez avec nous à [email protected] pour plus de détails.

Est-ce que MI-Brain supporte les fibres compressées?

La majorité des algorithmes dans MI-Brain, comme les filtres de fibres et les coupures de fibres, sont assez puissants pour compresser les fibres.

Puis-je utiliser MI-Brain commercialement?

Seulement si vous achetez une license d’Imeka. Pour ce faire, svp communiquez avec nous à [email protected]

Je crois avoir trouvé un bogue! Comment puis-je vous le communiquer?

SVP envoyez nous le rapport de bogue à [email protected]

J’ai une demande pour ajouter une fonction! Comment puis-je communiquer avec vous?

SVP envoyez-nous un courriel à [email protected]

Est-ce que le logiciel fonctionne sur [hardware XYZ]?

Peut-être. Nous avons des ressources limitées en hardware/matériel et la plus part de nos usagés utilisent un processeur Intel et des cartes graphiques NVIDIA. Assurez-vous de mettre à jour le pilote de votre carte graphique. De plus, sur le système Linux, nous recommandons d'utiliser les pilotes Nvidia au lieu des pilotes libre Nouveau.

Supportez-vous les systèmes d'exploitation 32bits?

Non

Quelles versions de macOS supportez-vous?

Nous avons testé le logiciel seulement sur OS X 10.11 El Capitan et OS X 10.12 Sierra. Il fonctionne probablement sur OS X 10.10 Yosemite aussi.

Sur macOS, MI-Brain ne peut ouvrir car il provient d’un développeur non identifié. Pourquoi?

macOS essaie de vous protéger des applications non sécuritaires. Pour ouvrir l’application, Cmd+clic-droit sur l’icône MI-Brain – ouvrir – ouvrir.

Quelles sont les versions de Linux supportées?

Nous avons surtout testé le logiciel sur Ubuntu 14.04 et Ubuntu 16.04, mais c’est aussi connu pour fonctionner sur Debian 8, Mint 17 et Mint, 18.

libpng12 n’est pas préinstallé sur Ubuntu 18.04, vous devez le faire vous-même. Vous pouvez télécharger le .deb à partir de ce lien: security.ubuntu.com/ubuntu/pool/main/libp/libpng/libpng12-0_1.2.54-1ubuntu1.1_amd64.deb

Et vous pouvez l’installer avec cette commande: sudo dpkg -i libpng12-*.deb

Quelles sont les versions de Windows supportées?

MI-Brain est connu pour fonctionner sur Windows 7, 8 et 10.

Puis-je utiliser le logiciel sur une machine virtuelle (VM)?

Ce n’est pas recommandé et nous ne pouvons le supporter. MI-Brain utilise les capacités 3D de la carte graphique et doit donc avoir accès directement à celle-ci.