MI-Brain est maintenant DISPONIBLE!

Mi-Brain est l’outil de visualisation d’IRM de diffusion de dernière génération.

Il vient avec des dispositifs spécialisés.

Mi-Brain est disponible gratuitement pour les académiciens, chercheurs et l'utilisation non-commerciale.

Si vous voulez l’utiliser à d’autres fins,

SVP communiquez avec notre équipe pour obtenir une soumission.

Caractéristiques

• Visualisation de fibres
• Dissection virtuelle de fibres
• Outils ROI
• Coupure de fibres
• Capture d’image en haute résolution
• Basé sur VTK
• Supporte .trk et .tck
• Coord mondiales
• Visualisation des images de maximas
• Visualisation RGB
• Colorisation de surfaces
• Coloration: locale, des extrémités, aléatoire, simple et par anatomie
• Creation de surface à partir de ROI
• Filtrage de fibres par boîte de sélection, masque ou surface
• Outil de segmentation​
• Et beaucoup plus …

Q&R

Comment l’installer?

  • Linux: Dans un teminal, extraire l'archive .tar.gz et éxécutez Installer.sh. Attendez que l’installation soit finie et lancer Mi-Brain en utilisant Mi-Brain.sh
  • Windows: Téléchargez vcredist_x64.exe (aussi disponible à partir de la section de MI-Brain téléchargeable) et Mi-Brain-*.exe. Double cliquez sur vcredist_x64.exe pour installer Microsoft Visual C++2015 redistributable et double cliquez sur Mi-Brain-*.exe et suivez les instructions.
  • macOS: Ouvrez le dossier .dmg et glissez l’icône de Mi-Brain sur le dossier application.

J’ai téléchargé une nouvelle version, je l’ai installée, mais le logiciel ne veut pas démarer. Que puis-je faire?

  • Linux: Effacez ~/.local/share/Imeka et/ou ouvrez l’application avec --BlueBerry.clean
  • Windows: Effacez C:\Users\USER\AppData\Local\Imeka et/ou ouvrez l’application avec /BlueBerry.clean
  • macOS: Effacez ~/Library/Application Support/Imeka et/ou ouvrez l’application avec MI-Brain.app/Contents/MacOS/MI-Brain --BlueBerry.clean

Comment le désinstaller?

  • Linux: Effacer le dossier contenant l’application.
  • macOS: Glissez l’application dans la poubelle.
  • Windows: Désinstallez l’application de la même façon que toute autre application sur Windows (Démarrer - Paramètres - Applications - MI-Brain - ...)

Dois-je être branché sur Internet pour installer ou utiliser Mi-Brain?

Vous avez seulement besoin d’être sur Internet durant son installation et pour obtenir des avertissements de mise à jour. Autrement, vous n’aurez pas besoin d’être sur Internet pour utiliser Mi-Brain.

Mes tractogrammes/anatomies ne sont pas alignées. Pourquoi?

Le logiciel Mi-Brain travaille avec LPS World coordinates, en opposition au voxel MM coordinates (TrackVis, Fibernavigator). Les données RAS seront transformées en LPS dans le logiciel. Assurez-vous que vos données soient alignées en système de coodonnées mondiales (LPS).

Quel est le format d’image de maximas nécessaire pour effectuer un RTT?

Les images de maximas sont des concepts d’images vectorisées en 3D. Par contre, en pratique, elles sont représentées en images flottantes 4D. MI-Brain les présenterait (clic-droit sur une node – détails...) comme suit:

Image

 

Dimension: 4

 

Dimensions: largeur hauteur profondeur (3 | 6 | 9 | 12 | 15)

 

Type de composante: Float (flottante)

La 4e dimension est utilisée pour emmagasiner les vecteurs. Chaque voxel contient entre 0 et 5 vecteurs 3D (d’où le multiple de 3). Les données pour un voxel sont toujours emballées dans la forme XYZXYZXYZXYZXYZ. L’absence d’information est affichée avec NANs ou un vecteur-zéro.

J’ai des données d’IRM de diffusion RAW. Puis-je les traiter avec MI-Brain?

Non. Mi-Brain est seulement un logiciel de visualisation/exploration. Imeka offre un service de traitement d’IRM https://www.imeka.ca/services. Communiquez avec nous à info@imeka.ca pour plus de détails.

Est-ce que Mi-Brain supporte les fibres compressées?

La majorité des algorithmes dans MI-Brain, comme les filtres de fibres et les coupures de fibres, sont assez puissants pour compresser les fibres.

Puis-je utiliser MI-Brain commercialement?

Seulement si vous achetez une license d’Imeka. Pour ce faire, svp communiquez avec nous à info@imeka.ca

Je crois avoir trouvé un bogue! Comment puis-je vous le communiquer?

SVP envoyez nous le rapport de bogue à mibrain@imeka.ca

J’ai une demande pour ajouter une fonction! Comment puis-je communiquer avec vous?

SVP envoyez-nous un courriel à mibrain@imeka.ca

Est-ce que le logiciel fonctionne sur [hardware XYZ]?

Peut-être. Nous avons des ressources limitées en hardware/matériel et la plus part de nos usagés utilisent un processeur Intel et des cartes graphiques NVIDIA. Assurez-vous de mettre à jour le pilote de votre carte graphique. De plus, sur le système Linux, nous recommandons d’utiliser une source fermée de disques au lieu de disques Nouveau family.

Supportez-vous les systèmes d'exploitation 32bits?

Non

Quelles versions de macOS supportez-vous?

Nous avons testé le logiciel seulement sur OS X 10.11 El Capitan et OS X 10.12 Sierra. Il fonctionne probablement sur OS X 10.10 Yosemite aussi.

Sur macOS, Mi-Brain ne peut ouvrir car il provient d’un développeur non identifié. Pourquoi?

macOS essaie de vous protéger des applications non sécuritaires. Pour ouvrir l’application, Cmd+clic-droit sur l’icône MI-Brain – ouvrir – ouvrir.

Quelles sont les versions de Linux supportées?

Nous avons surtout testé le logiciel sur Ubuntu 14.04 et Ubuntu 16.04, mais c’est aussi connu pour fonctionner sur Debian 8, Mint 17 et Mint, 18.

Quelles sont les versions de Windows supportées?

Mi-Brain est connu pour fonctionner sur Windows 7, 8 et 10.

Puis-je utiliser le logiciel sur une machine virtuelle (VM)?

Ce n’est pas recommandé et nous ne pouvons le supporter. Mi-Brain utilise les capacités 3D de la carte graphique et doit donc avoir accès directement à celle-ci.

Cheat sheet

Aide mémoire

Les plus utilesOuvrir un document: Ctrl/Cmd-o

Sortir de l’application: Ctrl/Cmd-q

Sauver la sélection : Ctrl/Cmd-s

Navigation 2D/3D
Zoom: Tenir le bouton droit de la souris

Bouger la croix pour les sections: Bouton gauche de la souris

Traduction: Bouton du centre de la souris

Sélectionner un objetDéplacer: Tenir Ctrl/Cmd + bouton gauche de la souris

Recadrer: Tenir Ctrl/Cmd + bouton droit de la souris

Faire pivoter: Tenir Ctrl/Cmd + bouton du centre de la souris

Vue 3D

Antérieure: a

Postérieure: p

Gauche : l

Droite: r

Supérieure: s

Inférieure: i

Introduction (anglais)

Un guide illustré présentant les fonctions principales de MI-Brain (en anglais).

Vidéos tutorielles

Une série de vidéos pour vous familiariser avec MI-Brain (anglais).

Fiber Web

Fiber Web est la prochaine génération d’outil d’IRM de diffusion, directement dans votre navigateur. Il vient avec des fonctions avancées.